تلاش فلسفی ملاصدرا انطباق حکمت متعالیه با حاق دین است با این حال به‌شدت از نظر میرزا مهدی اصفهانی و شاگردانش مورد نقد قرار گرفته است. میرزا مهدی و شاگردانش معقتدند ملاصدرا در حکمت متعالیه در جمع میان برهان، عرفان و قرآن به بیراهه رفته است, چراکه به هیچ روی این سه نه به‌لحاظ روش و نه به‌لحاظ غایت و کارکرد سرانجام واحدی ندارند. این در حالی است که به نظر می‌رسد هم در ارزیابی مدعیات حکمت متعالیه و هم دیدگاه جریان مخالف او می‌توان تأملاتی را روا دانست، یعنی هم تبیین گزاره‌های دینی با تکیه بر حکمت مشاء و اشراق ناتمام است و هم قطع پیوند میان تاملات عقل فطری و عقل قائم به نفس. در پایان روشی از آیات و روایات اتخاذ می‌گردد که تعقل حنیف فطری دین‌داران را به تعقل الهی می‌رساند و این دو را در مسیر تکامل روح الهی انسان به هم پیوند می‌زند تا راه میانه‌ای بین روش ملاصدرا و میرزا مهدی اصفهانی باشد.