حرکت جوهری از اصول بنیادی حکمت متعالیه است که آن را از دیگر مکاتب فلسفی متمایز می‌کند. نفس به جهت تعلّقی که با عالم طبیعت دارد، مشمول این حرکت می‌شود که بروز تحوّل و تغییر، آن را دور از واقع نمی‌سازد. این نظریه در معرفی و شناخت نفس انسان، بابی جدید را می‌گشاید که برای فلاسفۀ پیش از ملاصدرا مطرح نبوده است. تبیین علت قابلی دریافت وحی و نحوه تحقق معجزه و کرامت اولیای الهی در سایه این اصل صورت می‌گیرد. همچنین حرکت جوهری نفس در تبیین موت نیز اثرگذار است. سعادت انسان به کمک این اصل فلسفی به نحوی دیگر تبیین می‌شود و در تأمین این مسیر، دو بال ایمان و عمل صالح، نقشی محوری ایفا می‌کنند. معاد جسمانی و مسخ انسان نیز در پرتو حرکت جوهری نفس قابل تبیین خواهد بود.